保护投资者是证券市场监管的核心内容，也是证券市场健康运行的基础。在证券业中构建中小投资者保护的机制，可以起到保护中小投资者利益、防范系统风险、保障金融体系安全的作用，特别是在目前证券市场不景气、系统性风险很大的背景下，这种机制的建立更显得迫不及待。
　　推进客户资金管理制度的改革
　　我国《证券法》第138条明确规定，证券公司在办理经纪业务时，对客户账户和自有账户，对客户资金和证券实行分立的管理办法。证监会于2001年颁布的《客户交易结算资金管理办法》第2条也规定，客户交易结算资金必须全额存入具有从事证券交易结算资金存管业务资格的商业银行，单独立户管理。严禁挪用客户交易结算资金。但是，由于受融资渠道的限制，证券商挪用客户账户资金是很普遍的现象，这导致证券行业风险剧增，一旦这些券商资金链断裂，就有可能出现支付危机。为了从根本上杜绝券商挪用客户保证金的行为，有效地在证券公司与所属客户交易结算资金之间建立隔离墙，证监会于2004年初开始了客户资金管理模式的全面改革。当前应该进一步推进客户资产管理制度改革，实行客户资产的第三方托管制度。
　　建立投资者风险赔偿基金
　　成熟的市场都设立了证券投资者赔偿基金，当发生券商破产清算，或挪用客户资金但无法归还等问题时，该基金可对投资者进行一定的赔偿。如美国在1970年根据《证券投资保护法》设立证券投资者保护协会，要求所有会员按照经营毛利的千分之五缴纳会费，以建立保险基金，用于投资银行财务困难或破产时的债务清偿；香港的《证券管理条例》也规定，在证券事务监察委员会下设赔偿基金委员会，要求各证券经纪、会员商号缴纳25000美元的现金建立赔偿基金，以备破产或无力偿还债务时的债务清偿。这样双管齐下，既能促进券商的优胜劣汰，引导证券市场的良性发展，同时又能分散可能带来的风险，有效地实现对投资者的保护，避免社会动荡，值得我国借鉴。
　　通过商业保险保护投资者利益
　　在美国，投资公司协会和其他保险机构都有专门为证券、基金行业提供的保险。监管当局要求证券公司或基金为其经理和雇员购买诚实保险，在从业人员因欺诈或偷盗行为对中小投资者造成损失时，由投保公司进行支付。目前我国还没有类似的保险，这是因为这些商业保险大多是基金或经济类券商为其雇员所买，而我国目前还是一种小投资者为主投资者结构，投资基金的兴起也只是近两年的事情。随着证券市场的不断发展，中小投资者将由直接持股为主转变为通过投资基金持股，以中小投资者为主的投资者结构也将转化为以机构投资者为主。我国可以尝试先由政府或证券行业协会设立保险，再引导保险公司提供商业化的保险。通过证券市场以外的力量即保险公司为证券业提供保险，能够在保护投资者利益的同时对证券经营机构起到一定的监管作用。